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O Mestrado Profissional em Pesquisa Clínica conta com a infraestrtura disponível no hospital com destaque para:

O CENTRO DE PESQUISA CLÍNICA (CPC) é um grande laboratório para pesquisa clínica instalado em um prédio de 6 andares, com uma área física de 2.892 m2 e se constitui no local de realização dos projetos da área de Pesquisa Clínica e das atividades do MPPC. O Centro conta com 39 grupos de pesquisa instalados, todos coordenados por professores orientadores de pós-graduação da UFRGS. Em 2018, foram realizadas 7.480 consultas, 5.798 coletas, 1.707 infusões e 73.884 exames, todos exclusivos de pesquisa, para atender projetos de pesquisa clínica, dentre os quais encontram-se estudos multicêntricos demandados pelo Ministério da Saúde. Um diferencial do Centro é a realização de pesquisas com novos medicamentos para tratamentos oncológicos e de doenças raras que não estão disponíveis no SUS, possibilitando aos pacientes o acesso a tratamentos inovadores e aos alunos do MPPC conhecer a pesquisa clínica em novos fármacos na prática.

O CENTRO DE PESQUISA EXPERIMENTAL (CPE) abriga grupos de pesquisa com laboratórios individuais muito bem equipados e laboratórios compartilhados utilizados pelos alunos de Pós-Graduação que realizam pesquisa em área básica, e, também, o Laboratório de Bioética, coordenado pelo Professor. O CPE foi inaugurado em 2001 e desde então, contribuiu significativamente para o crescimento da pesquisa e da produção científica do HCPA e da UFRGS. Consonante com este crescimento, investimentos substanciais foram realizados na aquisição de equipamentos para uso compartilhado, tanto através de recursos de agências de fomento (FINEP, CNPq, FAPERGS), quanto com verba própria da UFRGS (Editais pró-equipamentos dos PPGS) e da instituição.  O Centro conta hoje com 2 laboratórios multiusuários: e 15 laboratórios temáticos dedicados à pesquisa em suas diversas áreas de atuação. 

O Grupo de Ensino do HCPA efetivou convênio com a UFRGS para utilização da sua biblioteca pelos alunos dos mestrados profissionais do hospital, além da Biblioteca da Faculdade de Medicina da qual o HCPA é parceiro desde 1999 através da contribuição na sustentabilidade do sistema.